Khi người Hồ chiếm đóng Trung Nguyên, lập ra 16 quốc gia, thời kỳ này được gọi là Ngũ hồ thập lục quốc. Lúc đó, giới sĩ tộc phương Bắc đã lưu tán khắp nơi trong thiên hạ. Nhưng cũng có rất nhiều người đã tự lập những khu vực tự trị để có thể chống lại. Trong những năm tháng binh đao liên miên, xương trắng chất đầy đồng nội – các sĩ tộc phương Bắc vẫn kiên cường sinh tồn, truyền thừa và giữ gìn văn hóa.
Nhưng đúng vào khoảng thời gian tàn khốc này, Phật giáo bắt đầu hưng thịnh ở phương Bắc. Từ thời Ngũ hồ thập lục quốc, đã xuất hiện rất nhiều cao tăng danh tiếng.
Trong Tấn thư, quyển 95, đã viết về Phật Đồ Trừng, ông là một bậc cao tăng có thần thông quảng đại, từng có nhiều giao thiệp với Hoàng đế Thạch Lặc của nước Hậu Triệu.
Vào thời Vĩnh Gia chi loạn, Hoàng đế của Hung Nô là Lưu Thông. Về sau, Lưu Diệu lên ngôi, đổi quốc hiệu từ “Hán” thành “Triệu”. Sau đó, dân tộc Yết do Thạch Lặc đứng đầu đã đánh bại Lưu Diệu, dựng nên nước mới, nhưng hiệu vẫn là “Triệu”. Vì để phân biệt, thì sách sử gọi nhà Triệu của Lưu Diệu là Tiền Triệu, còn quốc gia do Thạch Lặc dựng lên là Hậu Triệu.
Trong Tấn thư có ghi chép rằng: Thạch Lặc có một người con trai mà ông rất yêu quý, đó là Thạch Bân. Không may thay, Thạch Bân bỗng nhiên lâm bệnh nặng rồi qua đời. Thạch Lặc than rằng: “Trẫm nghe rằng thái tử nước Quắc đã chết, nhưng được thần y Biển Thước cứu sống trở lại, nay ai có phép màu có thể cứu con ta chăng”.
Lúc ấy, Phật Đồ Trừng được mời đến. Ngài dùng một cành dương liễu chấm nước, rảy lên người Thạch Bân rồi niệm thần chú. Sau đó, Phật Đồ Trừng nắm tay Thạch Bân và nói: “Con có thể đứng dậy rồi.” Kỳ lạ thay, Thạch Bân liền tỉnh lại. Chỉ một lúc sau, bệnh tình hoàn toàn hồi phục.
Trong Tấn thư, còn có một câu chuyện như sau:
Khi hoàng đế Lưu Diệu đem quân tấn công Lạc Dương, Thạch Lặc muốn dẫn quân cứu viện, nhưng các quan đều can gián rằng không nên đi. Thạch Lặc bèn đi hỏi Phật Đồ Trừng.
Phật Đồ Trừng lắng nghe tiếng phong linh dưới mái hiên, rồi luận rằng: “lần này bệ hạ xuất quân, ắt sẽ bắt sống được Lưu Diệu”.
Sau đó, ngài cho một đồng tử trai giới bảy ngày. Rồi Phật Đồ Trừng lấy dầu mè trộn với phấn son, tự tay mài trong lòng bàn tay rồi đưa cho đồng tử xem. Lòng bàn tay bỗng bừng sáng như gương, hiện ra cảnh tượng cuộc chiến.
Đồng tử nói: “Con thấy vô số quân mã, và có một người cao lớn, da trắng, hai tay bị trói bởi một sợi dây đỏ – người ấy bị bắt rồi.”
Phật Đồ Trừng khẳng định: “Đó chính là Lưu Diệu.”
Thạch Lặc hết sức vui mừng, ông lập tức xuất quân cứu viện Lạc Dương, và kết quả đúng như lời dự ngôn, Thạch Lặc đã bắt sống được Lưu Diệu.
Đến một năm nọ, trời yên lặng gió, bỗng một tiếng linh phong lại rung lên. Phật Đồ Trừng nghe vậy thì nói: “Tiếng linh phong này báo rằng quốc gia có đại tang, không qua khỏi năm nay”. Quả đúng như vậy, năm đó Thạch Lặc băng hà.
Do thần thông của Phật Đồ Trừng rất lớn, Thạch Lặc coi ông như hộ pháp của hoàng thất. Sau khi Phật Đồ Trừng cứu Thạch Bân sống lại từ cõi chết, Thạch Lặc đã đem toàn bộ các con của mình gửi đến chùa của Phật Đồ Trừng, để nhờ ông nuôi dạy.
Phật Đồ Trừng là một cao tăng dịch kinh thư. Một trong những đệ tử của ông là Đạo An — cũng là người giỏi dịch kinh Phật. Đạo An không lấy thần thông làm trọng, mà dùng Phật lý uyên thâm để hoằng dương Phật pháp. Ông được Đại Tần Thiên Vương Phù Kiên rất trọng vọng.
Đạo An có một đệ tử là Huệ Viễn, sau này đã giảng pháp tại Đông Lâm tự trên núi Lư Sơn, trở thành sơ tổ của Tịnh Độ tông.
Thời ấy còn có nhiều tăng nhân dịch kinh như Cưu Ma La Thập, họ cũng đến Trung Nguyên trong thời Ngũ Hồ thập lục Quốc. Cưu Ma La Thập là người rất giỏi tiếng Hán. Những bản kinh Phật ngày nay, có tới 70–80% là do Cưu Ma La Thập dịch ra — bao gồm Kim Cang Kinh, Diệu Pháp Liên Hoa Kinh, A Di Đà Kinh, v.v.
Chính những vị cao tăng này đã góp phần quan trọng trong việc hoằng dương Phật pháp, giúp Phật giáo bén rễ và lan truyền tại Trung Quốc. Từ đó đã hình thành nhiều tông phái Phật giáo sau này.
Phật giáo ở phương Nam thì phát triển chậm hơn. Sau khi nhà Đông Tấn diệt vong, thì bước sang thời Nam triều. Triều đại đầu tiên của Nam triều là Lưu Tống. Đến năm 479, Lưu Tống bị một người tên Tiêu Đạo Thành thay thế. Triều đại do Tiêu Đạo Thành lập ra có quốc hiệu là Tề. Để phân biệt với Bắc Tề ở phương Bắc, triều này được gọi là Nam Tề.
Đến năm 502, Nam Tề lại bị người cùng tông tộc là Tiêu Diễn soán ngôi. Tiêu Diễn chính là Lương Vũ Đế nổi tiếng trong lịch sử. Ông là vị hoàng đế trị vì trong suốt 48 năm, trở thành người có thời gian ở ngôi lâu nhất từ đời Hán Vũ Đế cho đến trước thời Khang Hy.
Ở thời điểm đó, vùng phương Bắc Trung Quốc đã bắt đầu khai tạc các hang động Phật giáo từ thời Thập Lục Quốc. Bốn đại Phật giáo thạch quật đều được mở vào thời Thập Lục Quốc đến thời Nam Bắc triều, bao gồm: Hang Mạc Cao ở Đôn Hoàng, Hang đá Mạch Tích Sơn gần Thiên Thủy thuộc Cam Túc, Hang đá Vân Cương ở gần Đại Đồng, Sơn Tây, và cuối cùng là Long Môn Thạch Quật.
Theo ghi chép trong “Bia trùng tu tượng Phật ở hang Mạc Cao do Lý Khắc Nhượng lập” đời Đường, thì vào năm Kiến Nguyên thứ hai của Tiền Tần (tức năm 366 sau Công nguyên), có một vị cao tăng tên là Lạc Tôn đã đi ngang qua dãy núi này. Ông bất ngờ nhìn thấy ánh kim quang rực rỡ, trên bầu trời hiện ra muôn ngàn tượng Phật, liền phát nguyện sẽ khắc tượng Phật trên vách đá, để ghi lại cảnh tượng thánh diệu ấy.
Từ đó, Lạc Tôn đục ra hang đầu tiên trên vách núi. Về sau, các thế hệ tăng nhân kế tiếp nhau đã khai tạc thêm nhiều hang động và tạc tượng, dần dần hình thành nên quần thể hang động Mạc Cao.
Ngoài ra, ở tỉnh Cam Túc còn có hang đá Mạch Tích Sơn, nằm tại Thiên Thủy. Hang này cũng được khai tạc vào cuối thời Thập Lục Quốc, dưới triều của Hoàng đế Diêu Trường. Sau đó, qua các triều Tây Tần, Bắc Ngụy, Tây Ngụy, Bắc Chu, và Tùy, đều có mở rộng và tạc tượng thêm. Đến thời Đường trở về sau, lại được trùng tu nhiều lần, dần trở thành hang động Phật giáo lớn thứ hai ở Trung Hoa.
Tuy nhiên, sự phát triển của Phật giáo tại Trung Nguyên không phải lúc nào cũng thuận buồm xuôi gió. Bởi vì ở phương Bắc đã xảy ra hai lần diệt Phật cực kỳ nghiêm trọng.
