Chu Toàn Trung nhờ có công nghênh đón Đường Chiêu Tông trở về Trường An, nên được phong chức Thái úy, tước hiệu Lương vương. Đường Chiêu Tông còn ban cho ông ta danh hiệu là “Hồi thiên tái tạo, kiệt trung thủ chính công thần”. Lúc này, Chu Toàn Trung đã trở thành thế lực phiên trấn cát cứ mạnh nhất thiên hạ, nhưng ông ta không đóng quân tại Trường An, mà lại trở về căn cứ của mình.
Sau khi giết sạch thế lực hoạn quan, Chu Toàn Trung để lại một vạn quân trấn giữ kinh thành, thay thế Thần Sách quân làm lực lượng bảo vệ, lại giao cho tướng dưới quyền thống lĩnh. Như vậy, hoàng đế trên thực tế đã rơi vào sự khống chế của Chu Toàn Trung. Còn bản thân ông ta thì trở về Biện Lương.
Chu Toàn Trung hoạch định một sách lược gọi là “tiên Đông hậu Tây”: mượn danh hoàng đế để vỗ yên Lý Khắc Dụng ở phía Tây, còn mình dốc toàn lực bành trướng thế lực về phía Đông, quét sạch đất Tri Thanh. Đến tháng 9 năm 903, Tiết độ sứ Tri Thanh là Vương Sư Phạm đầu hàng, từ vùng Hà Nam, Hà Bắc, Sơn Đông đều quy về tay Chu Toàn Trung. Ông ta cũng đóng trọng binh ở Hà Trung, vừa để giám sát Lý Khắc Dụng, vừa để khống chế Quan Trung.
Tể tướng của Đường Chiêu Tông là Thôi Dận, vốn trước kia có nương tựa thế lực của Chu Toàn Trung. Nhưng sau khi hoạn quan bị diệt sạch, cấm quân trên danh nghĩa là giao cho tể tướng thống lĩnh. Chỉ tiếc rằng lúc này cấm quân đã là hữu danh vô thực, chỉ còn biên chế mà không còn binh lực thực tế. Vì vậy, Thôi Dận bắt đầu chiêu mộ lại cấm quân để bảo vệ triều đình.
Thế nhưng, Chu Toàn Trung đối với việc này thì hết sức bất mãn. Đúng lúc đó, chỉ huy túc vệ do ông ta phái ở kinh sư là Chu Hữu Luân (cháu của Chu Toàn Trung) trong lúc đánh mã cầu bị ngã ngựa mà chết. Chu Toàn Trung cho rằng đây là do Thôi Dận ngấm ngầm hãm hại, nên lập tức cho quân giết chết Thôi Dận.
Tuy nhiên, tể tướng là bậc đại thần quốc gia, không thể tùy tiện giết hại. Sau khi Chu Toàn Trung giết Thôi Dận, Lý Mậu Trinh đã có một cái cớ để xuất binh.
Tại Bân Châu, Tĩnh Nan Tiết độ sứ Lý Kế Huy là con nuôi của Phụng Tường Tiết độ sứ Lý Mậu Trinh. Vợ của Lý Kế Huy từng bị Chu Toàn Trung làm nhục, nên trong lòng ôm đầy phẫn hận. Khi nghe tin Chu Toàn Trung giết tể tướng Thôi Dận, Lý Kế Huy lập tức viết thư cho cha nuôi Lý Mậu Trinh, trong thư nói rằng: “Đại Đường sắp diệt vong, phụ thân há có thể khoanh tay đứng nhìn?” Rất nhanh sau đó, Lý Kế Huy và Lý Mậu Trinh huy động đại quân tiến đến Trường An.
Khi này, Chu Toàn Trung đang đóng quân tại Hà Trung, nghe tin đại quân Bân Châu và Phụng Tường tiến về Trường An, ông ta liền dâng biểu lên Đường Chiêu Tông, “thỉnh” hoàng đế dời đô về Lạc Dương. Mặc dù nói là thỉnh, nhưng thực ra đó chính là cưỡng ép. Đường Chiêu Tông không còn cách nào, dưới sự uy hiếp của tướng dưới trướng Chu Toàn Trung là Trương Đình Phạm, hoàng đế lên đường đến Lạc Dương.
Chu Toàn Trung lại ép bức toàn bộ văn võ bá quan và bách tính Trường An, tất cả đều phải nhanh chóng lên đường, không được dừng lại dù chỉ một khắc. Quân của Trương Đình Phạm đã phá dỡ toàn bộ cung điện và cả nhà ở của dân thường trong thành, đem vật liệu xây dựng ném xuống sông Vị và Hoàng Hà. Tòa cổ đô nghìn năm tại Trường An, từ đó đã hóa thành một vùng phế tích. Từ đấy về sau, Trường An không còn là kinh đô của Trung Hoa nữa.
Tháng Giêng năm 904, Đường Chiêu Tông rời khỏi Trường An. Trên đường đi, hoàng đế bí mật gửi thư cho Hoài Nam Tiết độ sứ Dương Hành Mật, Hà Đông Tiết độ sứ Lý Khắc Dụng và Tây Xuyên Tiết độ sứ Vương Kiến, ra mật chiếu “cần vương”, yêu cầu họ hiệu triệu binh lực các nơi đến để giúp vua. Trong thư, Đường Chiêu Tông nói rõ: một khi đến Lạc Dương, ông sẽ hoàn toàn bị Chu Toàn Trung khống chế và giam giữ. Những chiếu thư ban ra sau đó, tuy là mang danh nghĩa hoàng đế, nhưng đều không còn là ý chỉ chân thực của ông nữa.
Đến tháng 4, Đường Chiêu Tông đến Thiểm Châu (nay thuộc Tam Môn Hiệp, Hà Nam). Tư Thiên giám tâu rằng: “thiên tượng hiện nay đã định, đại họa sẽ giáng xuống vào cuối thu năm nay, càng đi về phía Đông thì càng thêm bất lợi”.
Trong khi đó, Chu Toàn Trung lại dâng biểu nói rằng cung điện ở Lạc Dương đã sửa xong, rồi liên tiếp thúc giục Đường Chiêu Tông lên đường mau chóng. Đường Chiêu Tông lấy cớ Hà hoàng hậu vừa sinh, không thể chịu nổi hành trình đường dài, mong được trì hoãn đến sau tháng 10 rồi mới đi tiếp. Nhưng Chu Toàn Trung lập tức phái quân áp giải, ép Đường Chiêu Tông phải tiếp tục lên đường.
Sau khi Thôi Dận bị giết, cấm quân của Đường Chiêu Tông đã sớm tan rã, kẻ thì bỏ trốn, người thì ly tán. Bên cạnh ông chỉ còn hơn 200 người, phần lớn là những kẻ hầu hạ trong nội cung và những người thường ngày cùng ông chơi mã cầu.
Đối với những người này, Chu Toàn Trung cũng không yên tâm, nên đã chuốc rượu cho họ say, rồi đem tất cả thắt cổ giết chết, sau đó thay bằng người của mình. Những kẻ được chọn để thay thế, từ thân hình cho đến dung mạo đều có phần giống với những người đã bị giết. Mãi cho tới mấy ngày sau, Đường Chiêu Tông mới phát hiện ông đã thực sự trở thành cô gia quả nhân, không còn ai để có thể nương cậy. Hoàng đế suốt ngày chỉ còn biết cùng Hà hoàng hậu nhìn nhau, hai người ngậm ngùi mà khóc.
Chu Toàn Trung biết Đường Chiêu Tông oán hận, e rằng sẽ sinh biến, nên nảy ra ý muốn lập một vị hoàng đế còn nhỏ tuổi dễ bề thao túng. Vì thế, vào tháng 8 năm ấy, khi Đường Chiêu Tông đã đến Lạc Dương được 4 tháng, Chu Toàn Trung cho người giết chết ông. Sau đó lại giết luôn những kẻ trực tiếp ra tay, để bọn họ làm vật thế tội. Việc này chẳng khác gì thời Tam Quốc, Giả Sung sai Thành Tế đâm chết Ngụy đế Tào Mao, rồi lại tru diệt cả nhà của Thành Tế để bịt miệng, nhằm che đậy tội ác.
Sau đó, Chu Toàn Trung lập Thái tử Lý Chúc lên ngôi, sử gọi là Đường Chiêu Tuyên Đế, khi ấy chỉ mới 13 tuổi. Sang năm sau (tức năm 905), Chu Toàn Trung lại giết sạch các hoàng tử khác của Đường Chiêu Tông.
